Poruchy cirkadiánního rytmu mají klinickou souvislost s poruchami nálady.
Narušení cirkadiánních rytmů souvisí s chováním a lze je pozorovat u různých neurodegenerativních onemocnění. Pokud se cirkadiánní rytmy a hladiny proteinů naruší, může dojít k poruchám, které souvisí i s nerovnováhou dopaminu,To vysvětluje, proč některé poruchy jako autismus, Alzheimerova a Parkinsonova choroba nebo ADHD, u nichž je dopaminu buď nedostatek, nebo je jeho regulace nevyvážená, často doprovází i problémy se spánkem, náladou nebo bdělostí. Například v případě Parkinsonovy choroby dochází k úbytku dopaminergních neuronů ve středním mozku, které produkují dopamin.
Snížená hladina dopaminu v sítnici zhoršuje adaptaci na světlo, a tím narušuje cirkadiánní rytmus
V sítnici jeho uvolňování pomáhá organismu rozpoznat změny mezi světlem a tmou a přenášet tyto informace do suprachiasmatických jader (SCN) v hypothalamu, jež fungují jako „centrální hodiny“ těla. Pokud hladina dopaminu v sítnici klesne, schopnost oka správně reagovat a adaptovat se na světlo se zhoršuje, což může narušit přenos světelných signálů do SCN. Výsledkem je rozladění vnitřních biologických hodin, které ovlivňuje nejen spánek a bdělost, ale i náladu, kognitivní výkon a celkovou pohodu.